1、小贷公司行业性质的划分没有统一的规定，让税企双方无所适从。小贷公司是否属于金融企业或者是否按金融企业进行管理，相关部门没有统一规定。
一是央行和银监会《关于小额贷款公司试点的指导意见》(银监发〔2008〕23号)中明确：“小额贷款公司是由自然人、企业法人与其他社会组织投资设立，不吸收公众存款，经营小额贷款业务的有限责任公司或股份有限公司”，成立小贷公司只需政府金管办批准、工商部门核发营业执照即可经营，不需取得金融机构经营许可证，也未按金融企业进行管理。因此，央行和银监会没有将小贷公司列入金融企业范畴;
二是财政部虽然没有发文明确小贷公司的行业性质，但在《财政部关于小额贷款公司执行金融企业财务规则>的通知》(财金[2008]185号)中规定小贷公司执行《金融企业财务规则》(中华人民共和国财政部令第42号)、《金融企业呆账核销管理办法(2008年修订版)》(财金[2008]28号)和《银行抵债资产管理办法》(财金[2005]53号)等相关金融财务管理制度;
三是国家税务总局至今没有下发小贷公司方面的税政文件，但2012年3月30日时任国家税务总局局长肖捷在接受中国政府网访谈时表示，“小额贷款公司虽然也从事贷款业务，但国家有关部门还未按照金融机构对其进行监管。所以，没有将小额贷款公司纳入金融企业范围”;四是各级地方政府很明确的将小贷公司列入金融企业的范畴，如湖北省人民政府鄂政办发〔2010〕121号文件和江苏省人民政府苏政办发(2009)32号文件都将小贷公司定性为“新型的农村金融组织”。
2、小贷公司的税收政策不明确，给基层税务机关的税收征管带来了一定难度。小贷公司作为新生事物产生5年多来，其发展非常迅速，户数越来越多，规模越来越大，情况越来越复杂，所产生的问题与矛盾也日益突出。不管小贷公司性质如何，国家税务总局至今都没有一个专门针对小贷公司的规范性税收政策文件，仅仅只在《国家税务总局关于企业所得税核定征收若干问题的通知》(国税函〔2009〕377号)中明确不适用核定征收企业所得税的“特殊行业、特殊类型的纳税人”时列举了“小额贷款公司”。
尽管国家税务总局所得税司相关负责人2012年4月做客国家税务总局网站，就企业所得税、个人所得税的相关政策与网友在线交流时表示，“考虑到小额贷款公司在促进经济繁荣、支持中小企业发展方面的积极作用，我局将和财政部共同研究有关小额贷款公司的相关税收政策”，但时至今日，“有关小额贷款公司的相关税收政策”仍然没有出台一个。
3、小贷公司的发展偏离政策目标，给基层税务机关的税收征管造成了不小的困难。小贷公司处于试点与发展阶段，央行、银监会和省级地方政府对小贷公司的注册资本、资金来源、服务对象、贷款额度和发展目标等都有限制性政策规定。只有在政策规定的范围内合法经营，税务机关才能依照相关税收政策进行管理。
但是，小额贷款公司在快速发展的同时，因监管不到位等方面的原因而逐渐偏离政策目标，主要表现在：
一是银监发〔2008〕23号文件规定的“单一自然人、企业法人、其他社会组织及其关联方持有的股份，不得超过小额贷款公司注册资本总额的10%”已被地方逐渐放宽至20%、50%甚至100%，出现了个人独资小贷公司;
二是小贷公司的服务对象从“坚持为农民、农业和农村经济发展服务的原则”，“面向农户和微型企业”变为各类中小企业，甚至包括房地产开发企业;
三是“小额、分散”的原则，同一借款人的贷款余额不得超过小额贷款公司资本净额的5%的标准, 以及鄂金办发[2009 ]18号“小额贷款公司70%的资金应发放给同一借款人贷款余额不超过50万元(含50万元)的小额借款人，其余30%的资金对单户贷款余额不得超过小额贷款公司资本金的5%”的规定不断突破，某小贷公司注册资本3000万元，对一家房地产开发公司一次贷款即达1000万元;
四是资金来源中从银行融资的比例不超过注册资本50%的规定也被改变，有的地方允许达到100%;
五是贷款利率普遍达到甚至超过基准利率的4倍以上，大部分年利率在30%—36%之间，成为合法的“高利贷”。
4、小贷公司的财会制度与监管制度不健全，给基层税务机关的税收征管增加了较多的障碍。
尽管财政部财金[2008]185号文件明确规定“凡依据《中国银行业监督管理委员会 中国人民银行 关于小额贷款公司试点的指导意见》(银监发[2008]23号)设立的小额贷款公司，执行《金融企业财务规则》(中华人民共和国财政部令第42号)”，但是小贷公司的财务处理与会计核算比较混乱。
一是有的公司按一般工商企业的财务会计制度进行核算，有的按金融企业的财务会计制度进行核算。如仙桃市5家小贷公司，3家企业的财务报表采用一般工商企业的格式，2家企业采用金融企业的格式;
二是公司收取利息使用什么样的合法票据尚不清楚，有的公司使用一般的收款收据，有的公司使用结算单据;
三是有的小贷公司隐瞒收入，对同一笔借款，开出几份利息收据，部分利息进入公司账户，部分利息进入股东个人账户。郑州会计教育培训学校整理。
